يتشكل المجلس الإداري للوكالة، تحت رئاسة رئيس الحكومة أو الوزارة الوصية، من ممثلي الإدارة والأعضاء التالين:

. وزير الداخلية

. وزير الاقتصاد والمالية

.وزير التجهيز والنقل

. وزير السكنى وإعداد التراب الوطني

. وزير الفلاحة والصيد البحري

. وزير الصناعة والتجارة والتكنولوجيا الحديثة

. وزير الثقافة

. وزير السياحة والصناعة التقليدية

. السلطات الحكومية المكلفة بالماء والبيئة

. رئيس مجلس الجهة الشرقية

.  رئيس المجلس الاقليمي للناظور

. رؤساء المجالس الحضرية والقروية المنتمية لمجال تدخل الوكالة

. مدير وكالة الانعاش والتنمية الاقتصادية والاجتماعية لعمالة وأقاليم الجهة الشرقية بالمملكة

. مدير الوكالة الحضرية للناظور

. مدير وكالة الحوض المائي لملوية

. مدير المعهد الوطني للبحث في الصيد البحري

. ممثل الهيئة المكلفة بتنمية تربية الأحياء المائية البحرية

. رئيس غرفة الفلاحة

. رئيس غرفة الصيد البحري

ويتوفر المجلس الاداري على كل الصلاحيات الضرورية لإدارة الوكالة، وفي هذا الصدد، يقوم بتسوية القضايا العامة التي تكتسي طابعا هاما بالنسبة للوكالة خلال مداولات أعضائه، على الخصوص:

. تحديد المخطط المتعدد السنوات، وبرنامج عمل الوكالة

. حصر الميزانية بالاضافة الى تحديد سبل تمويل برامج عمل الوكالة وطريقة التنفيذ

. وقف الحسابات ووضع تقرير حول النتائج المتحصل عليها

. الإقرار بالإعلام بالمشاركات فضلا عن توقيف أو توسيع هذه المشاركات

. تحديد النظام الأساسي لموظفي الوكالة

. وضع الهيكلة الخاصة بالوكالة التي تحدد الهيآت التنظيمية والصلاحيات الممنوحة لها

. تحديد القانون الخاص بقواعد وآليات إبرام الصفقات

. تحديد آليات إصدار القروض واللجوء الى الأشكال الأخرى للقروض البنكية، كالتسبيقات والحسابات المضمونة

تسير شؤون الوكالة من قبل مدير يعين بظهير

يقوم المدير بتنفيذ قرارات المجلس الاداري واللجن المحدثة بمبادرة من هذا الأخير. ويضطلع بتدبير الوكالة والتصرف بالنيابة عنها، وحضور اجتماعات المجلس الاداري عن طريق التشاور وتأمين وتدبير كافة الخدمات، وتنسيق أنشطتها، والتعيين في المناصب المتعلقة بالوكالة وفقا للنظام الأساسي الخاص بالموظفين. كما يقوم بتنفيذ أو إعطاء الضوء الأخضر للأنشطة والعمليات ذات الصلة بأهداف الوكالة .

وفي هذا الصدد، فإن مدير الوكالة يعتبر الممثل لهذه المؤسسة أمام كل من الدولة، وجميع الادارات العمومية أو الخاصة، وكل طرف ثالث مخول بالقيام بأنشطة في هذا المجال. كما أنه يمثل الوكالة أمام القضاء، ويمكنه رفع كل الاجراءات القضائية الهادفة الى حماية مصالح الوكالة، لكن عليه، في المقابل، إخبار فورا رئيس المجلس الإداري. كما بإمكانه، تحت مسؤوليته، انتداب جزء من سلطته وصلاحياته لشخص من مديرية الوكالة.

يعتبر التدبير المالي والمحاسباتي لوكالة تهيئة بحيرة مارتشيكا محددا حسب الظهير الشريف رقم 1104 – 2 لمارس 2015 لوزارة المالية والخوصصة. وأن وكالة تهيئة بحيرة مارتشيكا تخضع للمراقبة المالية من طرف الدولة. وأن هذه المراقبة تنفذ في إطار التدابير المتعلقة بالقانون رقم 00- 69 الذي يدخل في إطار المراقبة المالية للدولة على المقاولات والمؤسسات العمومية.

كما أن التدبير المالي لوكالة تهيئة بحيرة مارتشيكا يشرف عليه مراقب تابع للدولة والخازن المكلف بالأداء، المعين من قبل وزارة المالية والمكلف بمراقبة الالتزامات والمصاريف للوكالة. وأن أنشطة وكالة تهيئة بحيرة مارتشيكا تدون في سجل الحسابات الموضوع لدى السيد المدير . ويتضمن سجل الحسابات:

. حساب الميزانية الذي يمكن تتبع تنفيذه سواء على مستوى التشغيل أو الموارد. الشيء الذي يمكن من إعداد الوضعية الشهرية والسنوية

. الحساب العام الذي يتعقب تطور جميع العناصر المادية والمعنوية للموروث فضلا عن تكاليف ومنتجات الاستغلال

وتقدم الحسابات العامة عدة معلومات أساسية ومعتمدة التي ترسم بشكل واضح الوضعية الاقتصادية والمالية لوكالة تهيئة بحيرة مارتشيكا. وتتيح الفرصة لاعداد الحالات المالية، والحسابات الخاصة بالنتائج وجميع الحالات التي يتطلبها القانون المتعامل به. وأن هذه الحسابات تعد طبقا للمدونة العامة للحسابات المعتمدة.

الحسابات العامة مكلفة ب:

. الاحتفاظ بسجلات المحاسبة

. تسجيل وتضمين العمليات في سجلات المحاسبة

. إعداد كشوفات المطابقة البنكية

. تحديد قيمة وصلاحية التجهيزات

. اعداد طلبات التعويض

. إعداد الحالات المالية ( الحصيلة، حساب الانتاج والتكلفة، والمعاملات)